行政長官林鄭月娥表示，《港區國安法》立法體現中央對特區政府有高度信心，今次是全國性法律，涉及全國包括香港在內14億人的福祉，涉及國際間錯綜複雜的形勢，但國家安全法的主體執行機關仍然屬於香港特別行政區，除了極少數特定情形外，違反國安法中提及4大罪行的案件，都是由香港特別行政區相關機構進行。
她指出，相關案件的偵查由警務處執行，檢控由律政司負責，審訊由香港特區獨立的司法機關執行，律政司檢控時不受干預。港府將成立國家安全委員會，由行政長官擔任主席，亦有3名司長及多名官員包含在委員會，中央會委派國安顧問，列席國家安全委員會中提供意見。亦會成立國家安全公署，署長人選仍未公布。她又透露，警務處已經成立國家安全處，惟處長人選今日未能公布，該處長亦會成為國家安全委員會成員之一。
林鄭月娥重申，指派法官審理國安案件，只是將各級法院適合的法官，放入名單，最終由司法機構決定審訊的法官，強調只有極少數的特定情形，中央才會處理案件。
她又稱，國家安全法保障相關工作的經費及人員編制，經行政長官批准後，經財政司司長從一般收入賬目中撥出，不經現行法律規管。
