《日本經濟新聞》報道，文部科學省最近考慮調查在當地多間私立大學設立的孔子學院，將在今年底前擬定問題清單，要求設有孔子學院的大學提供其資金來源、學生人數，及有否干預大學研究等資訊，主要是憂慮孔子學院會被中方利用作政治宣傳，或是用於獲取日本技術。
目前日本有14間私立大學設有孔子學院，包括早稻田、立命館等。校內的孔子學院舉辦教學和文化活動，如教授不同程度的漢語、培訓漢語教師、舉辦文史哲課程或興趣班，以及邀請中國學者演講或安排日本學者到中國研究等。由於並無學位課程，所以不須向政府註冊，令政府難以監察學院活動。
報道稱，東京當局認為孔子學院是中國政府的宣傳工具，並擔心日本的科研技術經學院人員交流而洩漏。
近期中方在日本開設孔子學院亦似乎變得困難。報道引述東京一間私立大學的消息稱，中方曾要求在該大學開設孔子學院，但校方最終拒絕，因擔心會影響校方日後對香港、台灣，及新疆問題的研究，以及可能與台灣院校建立的交流計劃。
歐美多國近期亦開始收緊對孔子學院的監管。其中美國國會於3月通過新法例，設有孔子學院的院校如違反新修訂的監管規定，將被削減政府撥款。美國的孔子學院數量已由2017年的逾100間，減少至今年5月的47間。
中國自2004年起在美國設立第一間孔子學院，其後擴展至其他國家。日本第一間孔子學院於2005年在京都的立命館大學成立。
