澎湃新聞報道，廣深港跨境高鐵與內地鐵路車票的退票政策有不同，有廣州消費者指，在鐵路12306 App購買廣深港高鐵時沒有明顯的退費率提示，令她早前因行程改變而需要退票時，最終要支付高達50%的退票費。
報道指出，涉事的廣州消費者原計劃端午節與家人前往香港，並提前在鐵路12306 App購入多張由廣州東站往返西九龍高鐵站的車票，最終因行程改變而取消訪港計劃，在退票時距離發車還有42小時，卻被收取50%的退票費。她並發現，即使提前3天退票，回程票也會被收取30%退票費。批評購票過程沒有兩地退費率不同的提示，造成經濟損失。
中國鐵路廣州局集團表示，廣州直通香港西九龍的列車屬於跨境列車，目前由港鐵公司負責營運，因此退改規則也由港鐵公司制定，與內地其他車次不同。由於購票頁面顯示的內容較多，無法一一提示，但在確定訂單的頁面右上角有「退改說明」的標註，建議在購票前查看清楚退改說明，以免造成經濟損失。
