就傳媒有關新田/落馬州發展樞紐環評報告的查詢，環保署回應稱，就土木工程拓展署提交的新田/落馬洲發展樞紐環評報告批准的申請，環保署會嚴格按照《環評條例》的規定來審核，當中包括詳細研究相關環評報告，在全面和審慎考慮相關環評研究概要、《技術備忘錄》的要求、及於公眾查閱期間公眾和環諮會提出有關環境的意見後，才決定是否批准該環評報告；以及如批准相關環評報告時應附設的條件。
環保署發言人表示，新田/落馬洲發展樞紐屬《環境影響評估條例》須領有環境影響評估報告的指定工程項目，土拓署已根據《環評條例》於2月2日至3月2日期間將工程項目的環評報告公開予公眾查閱。
法定的環評程序是一個專業、客觀和公開的制度。土拓署聘請了專業環境顧問進行新田/落馬州發展樞紐環評研究，當中包括生態影響評估並完成為期12個月的生態調查，亦已考慮相關的文獻及研究資料/數據和工程項目的生態調查記錄(包括鳥類觀測數據及對歐亞水獺的生態調查)，並根據環評研究概要和《技術備忘錄》之要求評估擬議發展所產生的潛在生態影響。為彌補因發展新田科技城所造成的生態影響，環評報告提出的緩解措施包括透過擬議的三寶樹濕地保育公園創造環境容量，以確保工程項目下相關濕地的生態功能及承載力不會有淨減少。
就早前香港觀鳥會指出環評報告內的相片與雀鳥名稱不符，土拓署已解釋是由於顧問團隊在整合環評報告的附件時出現編輯問題。就此，土拓署已向環保署提交修正的相關附件及報告，詳細解釋有關事件的原因及跟進工作。根據《技術備忘錄》第4.5.2段，倘若環評報告須作出若干修訂，但該等修訂不影響報告所作評估的有效程度及整體結果和結論，則無需重新提交環評報告。
有關工程項目對歐亞水獺的生態影響方面，雖然生態調查進行期間並沒有在項目的評估範圍內發現歐亞水獺，但環評報告已參考了近年相關的調查記錄，包括於2018年和2019年在項目的評估範圍內曾發現有水獺糞便，因此生態評估亦已假設有歐亞水獺於項目評估範圍內出沒，並就工程項目對水獺產生的潛在影響作出了相應的評估，以及建議了相關的緩解措施。
環保署於2021年6月30日就有關項目發出環評研究概要。在去年公布更新的建議發展範圍前，土拓署已按研究概要要求，以書面通知環保署更新的項目規模。環保署認為研究概要仍然能夠涵蓋環評報告中須要評估的各項環境課題。此外，研究範圍亦會因應工程規模增大而調整，例如生態影響評估的範圍將包括工程項目最新邊界以外500米範圍。因此環保署認為環評研究概要已能涵蓋更新的新田科技城發展範圍及土地用途建議可能產生的環境影響，確定有關的環評研究概要仍然有效。
