中大早前換校徽惹爭議，校方終恢復沿用原有版本，事件後建制派議員繼續抨擊中大管治架構。為中大校董的自由黨立法會議員張宇人批評，從事件看到中大管理層「可以當校董會無到」。蔡若蓮指，從制度上教資會資助大學校董會確實可按其大學法例條例規定設立委員會，中大更換校徽事宜是在行政與計劃委員會進行，其職責包括協助校長制定學校發展計劃，再經校長向校董會滙報，所以非該委員會「自把自為」去換校徽，決定最終需由校董會作決策。
她指，就中大校董會和委員會之間的決策分工，一般屬內部事務，政府不干預。若如張宇人所指認為大學有違反主管條例、其大學條例的情況，相關持份者可按法律途徑進一步處理。
經民聯議員梁美芬今提出口頭質詢，質疑中大校董會的校外委員只有17%，導致大學管治問題，出現中大校長未經全球招聘由段崇智續任及換校徽爭議。對於教育局局長蔡若蓮回覆指，教資會資助大學均為獨立自主機構，在甄選教職員、內部調配資源等享有自主權，梁美芬不滿指「大學管治問題與學術自由是兩碼子的事」。
蔡若蓮指，基於各大學獨特背景、歷史、發展歷程和實際運作，各大學校董會組成和各大學管治架構不盡相同。教資會程序便覽訂明，大學管理層任命屬於大學自主範圍內事宜。個別大學的決策詳情，如何等決定需由大學校董會作出、管理層職責分工等，由大學按自主原則、相關大學條例要求釐定。她指，整體而言，各大學均正履行根據各大學條例訂明的職責，政府和教資會一直致力維護各大學學術自由、院校自由，同時亦要求大學就其運作保持透明度。
梁美芬續追問，當大學出現校董會監管失效的情況，教育局會否主動提出修改有關條例。蔡若蓮回應指，如果要修改校董會組成，一般要按主管條例規程完成檢討，再透過議員提出私人條例草案形式，經立法會討論後再通過生效。
