就有海外網絡安全公司發表報告指「安心出行」流動應用程式存在安全問題，資科辦對有關不盡不實的報告和不公道的指控表示遺憾及堅決反對。
資科辦發言人表示，「安心出行」為協助防疫抗疫的數碼工具，其設計、開發及使用一直以保障個人私隱為大前提，程式毋須登記，儲存所有與個人私隱相關的資料均經遮蓋及加密處理。程式推出一年多以來，已有超過800萬個下載，是廣大香港市民每天慣常使用的數碼工具，從沒有出現任何保安或私隱相關事故。
此外，資科辦早於今年5月就有關人臉識別模組的指控多次解說，重申「安心出行」毋須亦從來沒有使用人臉識別的功能，相關人臉識別模組亦早已按承諾移除。
發言人再次強調，「安心出行」程式嚴格遵守香港特區政府的資訊保安和私隱保障規例、要求和標準，亦把程式的技術規格開誠布公上載網站供公眾查閱。程式的所有重要更新版本在推出前均通過獨立第三方專業機構進行的私隱影響評估，以及資訊保安風險評估及審計，以確保程式安全可靠，相關報告亦早已上載網站供公眾參閱。
此外，「安心出行」每個版本均須通過各流動應用程式商店嚴謹的審批程序，確保在其商店推出的程式切實遵守保護個人私隱的要求。資科辦每次在「安心出行」流動應用程式加入新功能時，亦徵詢個人資料私隱專員公署的意見，確保符合《個人資料(私隱)條例》的規定。
