前終審法院首席法官李國能發表聲明指出，「港區國安法」草案說明中提到，行政長官指定若干法官審理國安案件，以及中央機構行使管轄權，會損害香港的司法獨立。
李國能在聲明中表示，在《基本法》下，法官是經特首按「司法人員推薦委員會」的推薦而委任，法官的挑選是基於他們的司法及專業才能，法官會獨立地行使司法權力，不受任何干預；而司法機構獨立於行政機關，應由獨立的司法機構決定審理這些案件的法官，不受行政機關的干預。
他指出，行政長官欠缺挑選法官所需的經驗和專長，加上作為「維護國家安全委員會」主席，行政長官並不適宜獨自挑選指定法官。他認為，起碼應該是行政長官挑選法官時，必須依據首席法官或司法人員推薦委員會的建議，才能確保人選是基於專業和獨立的基礎。
李國能又關注，「港區國安法」草案說明提及在特定情形下，駐港國家安全公署和國家有關機關，或對極少數危害國家安全犯罪案件行使管轄權。但他認為，行使管轄權時，有關案件會在內地處理及審理，擔心被告不能享有香港司法程序的保障，會破壞香港法院的獨立司法權力。
