中央容許國家科研項目經費過境香港支持科研。港科院創院院士黃乃正表示，雖然國家放寛科研經費的使用，但不等於香港可以輕易獲得很多資助。
黃乃正在一個電台節目上指出，內地的科研經費審批非常嚴謹，必須經過相當的程序和公平競爭，而且研究項目必須是成熟的，相信由比較資深的學者領導，才容易獲得資助。
他又稱，成功申領國家經費的研究項目需要接受監察，每年提交報告，但由於「一國兩制」，內地機構可能無法在香港進行監察，建議由香港研究資助局負責監察，並向中央報告。
對於有意見認為，香港與內地的科研機構有可能由合作夥伴變成競爭對手，對本港人才造成競爭，同時擔心申請該資金，中央或要求科學家需要「愛國愛港」，令科研項目政治化，黃乃正認為，有競爭才會有進步，稱「如果一個科研人才害怕競爭，根本不可能成為一個優秀的科學家」。
他指出，本港科研人員只會專注研究，融入國家體制對科研沒有任何影響，又認為卓越的科研及教學成果，亦是很好的愛香港表現。
談到港府應提供哪類科研的配套或資助，以追上其他地方的步伐，黃乃正認為，每個科研項目都有各自的需要，如果經過本地和境外專家同行評核，港府積極配合及大力支持，將事半而功倍。
