立法會會議上有議員關注東鐵線過境車程票價高昂，或會窒礙深港之間人員往來。
運輸及物流局局長林世雄表示，在兩鐵合併之前，東鐵線票價已按照本身的票價結構釐定，有其歷史因素和特殊情況。當中，途徑羅湖站和落馬洲站的過境車程，其主要服務對象與本地行程不同，其票價亦在一定程度上補貼本地行程的車費，因此不應直接將其票價與重鐵系統下其他鐵路線進行比較。
林世雄指出，港鐵票價釐定基本上以車程距離為基本原則，同時會考慮市場競爭力、車程性質、現有整體車費結構等因素，現時港鐵公司會根據市場情況，不時推出各項推廣，如今年2月至7月推出特惠站車費優惠，使用成人八達通及樂悠咭的乘客同日經由落馬洲站從香港往返深圳，可享有6元車費優惠。
他又稱，會繼續鼓勵港鐵在平衡整體市場情況、本身的營運及財政狀況和乘客需求等因素後，適切回應市民的訴求，提供更多優惠。
