環保團體質疑政府擴大新田科技城的選址，會摧毀保育后海灣制度。發展局回應稱，新田科技城的建議發展面積當中，雖然有151公頃以地域計座落於「濕地保育區」、 97公頃座落於「濕地緩衝區」，但實際上該248公頃當中有159公頃或64%，已經是棕地、已填平的魚塘和其他生態價值較低的土地，餘下約90公頃或36%建議填平的魚塘面積，當中一半已沒有養殖活動甚或已荒廢多年。
擬建三寶樹濕地保育公園
發展局表示，政府建議逐步收回附近私人擁有且具生態價值的濕地和魚塘，建立濕地保育公園系統，包括擬議的三寶樹濕地保育公園，為北部都會區提升環境容量。漁護署正進行研究，確定濕地保育公園的確實位置、面積和管理模式等。透過政府積極管理，三寶樹濕地保育公園將可提升該處的生態價值，創造環境容量，以及補償因發展新田科技城所造成的生態影響。
在鄰近濕地的創科用地，當地已規劃較低矮的建築物，並預留一條約300米寬的非建築用地，以保留現有貫穿落馬洲管制站以北的主要候鳥飛行廊道。
新田科技城的環境影響評估，會涵蓋最新公布的建議發展範圍和土地用途，當中正進行詳細生態影響評估，評估發展對魚塘和其他生態的影響並提出緩解措施，包括透過三寶樹濕地公園以補償發展對生態的影響。土木工程拓展署計劃於今年第三季向環保署提交環評報告，公眾可循法定程序表達意見。
