土木工程拓展署和規劃署簡介交椅洲人工島初步建議時表示，有信心以新填海技術及預留達200米水道來避免填海工程對生態造成影響、已克服技術性問題等。
綠色和平指出，署方將社會上對於規劃、財務、環境、違規、工程的五大質疑，淡化為純工程技術問題，有轉移視線之嫌，無法釋除公眾疑慮；促請政府正面回應社會各界的疑慮，勿再硬推填海工程，對環境生態造成不可逆的破壞。
綠色和平指，海洋生物對水底環境條件敏感，包括混濁度、含氧量、溫度等，單靠Y形水道恐無法有效地保護附近重要性較高的石珊瑚群；加上填海工程更動輒進行數十年，期間所使用的工程船、機器等亦會污染海洋生態。
綠色和平強調，明日大嶼規模龐大，與香港過往的填海項目，在規劃、技術、用途、所需的基建配套等，難以相提並論。相反，全球多個規模和用途與明日大嶼有可比性的千頃填海項目，近八成爛尾，正正因為未有回應填海的必要性，即使這些大型填海計劃克服技術性問題，平整土地成「熟地」，亦出現規劃走樣、公屋走數、庫房掏空等危機等問題。
