好鄰舍北區教會在Facebook宣布，已於5月31日後停運，粉嶺、觀塘兩個聚會點亦同時停租，為方便要查詢奉獻收據事宜，fb專頁及電郵將運作至6月30日，強調「無論分散到邊一個角落，上帝嘅話依然係我哋路上嘅光」。
2019年反修例示威期間，好鄰舍北區教會義工多次曾組織「守護孩子行動」。去年12月，警方拘捕「好鄰舍北區教會」一名前女董事及一名前女員工，懷疑有人在眾籌活動中涉嫌欺詐及洗黑錢，要求銀行凍結涉案5個銀行戶口，並通緝已離港的會堂前主任陳凱興及其妻子。
其後，有20名好鄰舍北區教會員工集體總辭，聲稱表達對陳凱興的 「失望」及「不信任」。
