運輸及房屋局提交立法會的文件顯示，屯馬線全線通車初期的收入，不足以應付營運開支。根據屯馬線的《服務經營權補充協議》，九鐵需要支付一筆估計4900萬元的款額予港鐵，但預期九鐵可在沙中線全線通車後，從港鐵付出的經營費收回有關款額。
當局表示，屯馬線通車後，早晚繁忙時間分別約3分鐘及3分半鐘一班車，非繁忙時間則5分半鐘至7分鐘一班車。按港鐵估計，屯馬線全線開通後，東鐵線早上繁忙時段的高峰客流量將得以紓緩，預期幅度約18%。
另外，港鐵公布票價細節，使用成人八達通由土瓜灣站到觀塘線沿途各站的車費，介乎4.7元至8.7元；到荃灣線沿線車費，介乎4.7元至12.5元；到港島線及南港島線的車費，介乎12.5元至14.9元。
