海事處自2005年將海上垃圾清理處置工作全面外判，惟外判商或將垃圾量「報大數」。審計署最新一份審計報告發現，承辦商向該處提供的漂浮和生活垃圾的收集量，明顯多於與環保署承辦商提供的都市固體廢物量，在2012至2019年間，平均後者只有前者的約19.9%，而後者本身除了海上垃圾，還包括其他都市固體廢物。報告指，海事處污染控制小組人員並無核實有關統計數字是否準確，審計署認為該處應確保數字被妥善滙報。
全港水域合約規定，在服務時間內如水域清潔狀況低於「良好」，須在30至120分鐘內將其回復至「良好」，當中依靠海事處巡邏確保達標，惟報告發現12個巡邏區中，有3個未達到每月至少一次日常巡邏的要求。
全港水域招標文件規定，投標者如欲將服務由分判商執行，須遞交資料經政府批准，惟有負責大埔水域工作的承辦商，於未取得書面同意情況下，將合約分判予分判商，一直無通知海事處，處方最終於有關安排執行29個月後才得悉。審計署認為應加強監管。
