政府估計，「明日大嶼」計劃的交椅洲人工島，以及欣澳、龍鼓灘填海，加上屯門沿海地帶發展，及優先推展的交通運輸網絡，工程粗略估算造價約6240億元。
前立法會議員姚松炎表示，政府沒有計及通脹成本和利息財務成本，估計最終造價可達近萬億元。
新民主同盟范國威認為，政府低估「明日大嶼」造價，批評該計劃挖空庫房，分薄其他民生資源。
環保觸覺譚凱邦指出，填海的海砂費用高昂，加上嚴重破壞環境，表明反對有關計劃。
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