運輸及房屋局局長陳帆在一個電台節目表示，政府估計廣深港高鐵日均乘客量有8萬人次，比之前估算的10.9萬人次少，估算的確相對保守，但最重要是讓公眾了解實際操作預期，因為高鐵班次較早前估算少，乘客亦需時適應以高鐵作為出行方式，相信長遠上座率會逐步上升，認為目前估算相對保守對財務和持續發展有益。
運房局副秘書長蔡傑銘表示，現時的客量估算是按現有班次推算，以往的估算則是基於當時認為有更多班次。他又指，高鐵實際客量如果較預期相差15%以上，政府與港鐵將以「七三比」分攤盈虧，令港鐵不會太輕易要政府承擔風險。
對於公民黨立法會議員陳淑莊指，今次營運協議是協助港鐵封「蝕本門」。陳帆則不認同，稱港鐵是上市公司，需要向股東負責，如果營運協議是「穩蝕」，港鐵將不會營運高鐵。他強調，建造高鐵的目的，是要方便市民，製造就業，帶動經濟增長，不應只着眼於是否賺錢或收回成本，舉例指政府興建公路等基建，目的也不是收回成本。
