中央港澳辦公布組織架構，設8個局分管各範疇的港澳工作，其中一個局負責協調特區開展維護國家安全工作。
根據中央港澳辦官網，其內設機構包括8個局，其中「一局」負責落實中央港澳政策工作、「六局」協調特區開展維護國家安全工作、「七局」協調涉港澳宣傳工作。另外亦設秘書局和機關黨委(幹部局)。
網站亦列出11項主要職責，包括加強港澳工作的統籌協調、督促落實，組織開展對重大問題的調查研究，提出政策建議；研究提出健全特區行政長官對中央政府負責的制度；協助特區加強憲法和《基本法》以及國家安全法教育、國情教育、中國歷史和中華文化教育，增強港澳社會的國家意識和愛國精神等。
中央今年3月公布《黨和國家機構改革方案》，確認國務院港澳辦之上組建「中央港澳辦」。
