中共中央提出在國務院港澳辦基礎上組建中央港澳辦。全國人大常委李慧琼在一個電台節目表示，不要因為中央機構的自然變動，無限推演至影響一國兩制落實。
李慧琼表示，機構改革方案中包括金融、科技、數據和港澳工作都有重組，整體思路是讓中央更加直接管理特別重要領域。她認為無論港澳辦屬於國務院還是中央機構，都是由國家主席習近平帶領，習近平已多次重申堅持一國兩制， 社會毋須因為今次的架構調整，無限推演到會影響一國兩制落實。
她又指，港澳工作在複雜環境下有所調整，可讓一國兩制、中央全面管治權、維護國家主權、安全和發展利益，以及更好融入國家發展大局、解決深層次矛盾等，做得更到位。
李慧琼又表示，國家主席習近平在人大閉幕會的重要講話，令她感到鼓舞和感動，雖然講話只有約20分鐘，但香港一國兩制佔重要部分，習近平亦指出推進強國建設離不開港澳長期繁榮穩定，體現在對方領導下的中央政府予以高度重視，大家要對未來充滿信心。
