因應新冠肺炎爆發，政府在全港18區安排地區診所及母嬰健康院作為指定診所，惟引起居民憂慮，甚至有人破壞指定診所。醫管局代表表示，因應現時疫情，暫時未有計劃啟用屢遭破壞的南葵涌診所。
醫管局九龍西醫院聯網家庭醫學及基層醫療服務部門主管陸雲出席葵青區議會時，稱因為圍堵隔離措施有效，故暫時未有需要啟用南葵涌診所作為指定診所。他又重申，指定診所協助分流，處理病情較輕微病人，減輕醫院及急症室壓力。
惟多名民主派議員對有關安排表示關注，質疑南葵涌診所與民居相近，事前又未諮詢居民，質疑是可否有其他選址。
陸雲稱，南葵涌診所在2008、2009年曾用作指定診所處理三聚氰胺奶粉事件，亦曾預備作豬流感及中東呼吸綜合症的指定診所，在通風、設備上都優勝於其他選址。
