鑑於新型冠狀病毒病疫情嚴峻，土木工程拓展署表示，該署工程團隊包括駐地盤人員及承建商一直嚴陣以待，致力保持工地衞生，並實施多項防疫措施。
土拓署於本月2日得悉將軍澳—藍田隧道主隧道及相關工程地盤有工友初步確診後，即時聯絡衞生防護中心，安排所有地盤人員作病毒測試及在相關位置(包括工地內的相關更衣和休息室及洗手間)進行徹底清潔和消毒。同時，承建商自本月4日起已關閉和禁止任何未經許可人士進入該工地，並於同日即時暫停此工程合約所有工地的工作。
為進一步加強工地的防疫措施，承建商會限制同一時間進入更衣和休息室的人數，且讓每位工友有固定位置作休息更衣，減少交叉感染風險。承建商亦會盡量增添用膳和休息地點，並安排工友於不同時間進餐，以進一步加強社交距離。同時，工程團隊會加強糾察巡邏，確保有關措施嚴格執行。
復工前，承建商將再次安排專業清潔公司在工地進行徹底清潔和消毒。此外，承建商亦會要求所有地盤工作人員除衞生防護中心要求進行的病毒測試外，在復工前再一次進行病毒測試，並須出示相關的陰性測試結果才能進入工地工作，以進一步保障地盤工作人員的健康及安全。
