政制及內地事務局局長曾國衞在立法會回應質詢時表示，港區國安法的法律條文將會符合《憲法》及《基本法》，亦不會影響本港的獨立司法權及終審權。特區對國防及外交等國家層面行為，沒有司法管轄權。
公民黨議員陳淑莊引述港澳辦副主任鄧中華指出，港區國安法不容挑戰，質疑經《基本法》附件三頒布的法律，地位是否高於本地立法。曾國衞表示，無論以公布或立法形式在本港實施的全國性法律，同樣屬本港法律，有同等法律效力，而港區國安法的條文在草擬當中，未能看到條文是否有凌駕性。
公民黨議員楊岳橋則引述特區政府在1999年回覆立法會質詢時表示，若果有任何列入《基本法》附件三的全國性法律對香港有實質影響，會諮詢立法會有關事務委員會，質疑特區政府是否出爾反爾。曾國衞表示，全國人大常委會依法諮詢特區政府及基本法委員會，當局會適當反映香港的實際情況，又指特區政府會全力配合人大常委會，盡快完成港區國安法立法工作。
