有報道指機場第三條跑道的承建商未能獲得所需的1億立方米海砂等填料，導致工程進度已落後近半年。
機管局發表聲明指出，三跑的填海工程進度受惡劣天氣及填料供應影響，填料鋪設工序出現滯後，惟填料鋪設只是填海其中一項工序，現階段不會影響三跑整體工程的時間表。機管局有信心繼續按照原定目標推展工程，於2022年啟用新建成的第三條跑道，並於2024年底前在預算的1415億元內，完成整項工程並將三跑投入運作。
填料方面，承建商已確定目前掌握的砂源，能供應足夠填料予三跑的填海工程。任何單一砂源的價格並不能反映整體填料的成本，因為承建商一直以來按合約要求負責從多個來源採購不同種類的填料，目前以從內地進口的機製砂為主，輔以本地公眾填料，以及從其他不同地區包括馬來西亞及菲律賓進口的填料；同時承建商亦正安排從內地不同省份，包括從廣西及廣東等進口填料。
機管局稱，會繼續與主要填海工程承建商合作以確保填料供應，承建商亦正增加機製砂的生產線數目、物色更多合適的石礦場，以及增加公眾填料篩選分類設施等。
